Le Conseil d'administration est l'organe directeur suprême du PAM. Composé de 36 États membres de l'Organisation des Nations Unies ou de l'Organisation des Nations Unies pour l'alimentation et l'agriculture (FAO), fournit un appui intergouvernemental aux activités du PAM, donne des orientations sur leur conduite et en assure la supervision.
- élaborer et coordonner les politiques à court et à long terme d'assistance alimentaire;
- assurer la direction et la supervision intergouvernementales de la gestion du PAM;
- examiner, modifier au besoin et approuver les programmes, les budgets prévus dans le plan de gestion, les projets et les activités dont il est saisi par le Directeur exécutif (en déléguant à celui-ci les pouvoirs nécessaires pour procéder à ces approbations);
- passer en revue l'administration et l'exécution des programmes, projets et activités approuvés du PAM; et
- soumettre chaque année au Conseil économique et social de l'Organisation des Nations Unies et au Conseil de la FAO un rapport sur les programmes, projets et activités du PAM.
Le Conseil d'administration ne ménage aucun effort pour prendre ses décisions par consensus et il incombe à son Président/sa Présidente de veiller à ce que tout soit mis en œuvre pour favoriser ce consensus. Ce n’est que dans les rares cas où le Président/la Présidente estime qu’un consensus ne peut être atteint qu’il/elle met la décision aux voix (voir l’article IX, par. 2, du Règlement intérieur du Conseil). Mais aucune motion n’a jamais été ainsi mise aux voix pour un programme ou une activité.
Le Comité intergouvernemental, premier organe directeur du PAM, a tenu sa première session en 1962. Il a été remplacé en 1976 par le Comité des politiques et programmes d'aide alimentaire, lui-même transformé en Conseil d'administration en 1996 (36 États membres).
Le groupe sur la gouvernance, composé de représentants des cinq Listes électorales du Conseil d’administration, a été créé en mars 1999 pour étudier comment la gouvernance du PAM pourrait être renforcée pour suivre l'évolution du PAM et comment faire du Conseil d'administration un organe plus stratégique et plus efficace.
Les quatre langues officielles du Conseil sont l’anglais, l’arabe, l’espagnol et le français (article XIV). Des dispositions particulières peuvent être prises pour le chinois et le russe.