المجلس التنفيذي هو الجهاز الرئاسي الأعلى للبرنامج، ويتألف من ست وثلاثين (36) دولة من الدول الأعضاء في الأمم المتحدة أو الدول الأعضاء في منظمة الأغذية والزراعة، ويتولى تقديم الدعم الحكومي الدولي للبرنامج، وتوجيهه سياساته، والإشراف على أنشطته.
- وضع سياسات المساعدة الغذائية على المدى القصير وعلى المدى الطويل، والتنسيق فيما بينها؛
- الاضطلاع بمسؤولية الإشراف الحكومي الدولي وتسيير إدارة البرنامج؛
- دراسة البرامج، وميزانيات خطط الإدارة، والمشروعات، والأنشطة التي يعرضها عليه المدير التنفيذي، وتعديلها عند الاقتضاء، وإجازتها (مع تخويل سلطة الإجازة هذه للمدير التنفيذي وفقا لما يراه ضروريا)؛
- استعراض إدارة وتنفيذ برامج البرنامج ومشروعاته وأنشطته المجازة؛
- رفع تقارير سنوية عن برامج ومشروعات وأنشطة البرنامج إلى المجلس الاقتصادي والاجتماعي للأمم المتحدة وإلى مجلس منظمة الأغذية والزراعة.
يسعى المجلس لأن تتخذ قراراته بتوافق الآراء، ورئيسه مسؤول عن ضمان بذل جميع الجهود للوصول إلى توافق الآراء. ويقوم الرئيس، في الحالات القليلة التي يرى فيها تعذر الوصول إلى توافق الآراء، بطرح الموضوع للتصويت. (انظر المادة التاسعة-2 من اللائحة الداخلية للمجلس). بيد أنه لم يُطرح على مدى تاريخ المجلس أي اقتراح للتصويت على برنامج أو نشاط.
كانت اللجنة الدولية الحكومية التي عقدت دورتها الأولى عام 1962 هي الجهاز الرئاسي الأول للبرنامج. وحلت لجنة سياسات المعونة الغذائية وبرامجها محل تلك اللجنة عام 1976، ثم أعيد تشكيل لجنة سياسات المعونة لتغدو المجلس التنفيذي المؤلف من 36 عضوا عام 1996.
تشكلت في مارس/آذار 1999 جماعة التسيير والإدارة من أعضاء القوائم الانتخابية الخمس في المجلس التنفيذي بغية وضع أفكار لتعزيز تسيير البرنامج الآخذ في التطور وجعل المجلس أكثر استراتيجية وكفاءة وفعالية.
لغات العمل الرسمية في المجلس التنفيذي هي العربية والإنكليزية والفرنسية والإسبانية (المادة الرابعة عشرة). وهنالك ترتيبات خاصة باللغتين الصينية والروسية.